针对1993-1994年国内期货市场盲目发展的状况,1993年11月4日,国务院发出《关于制止期货市场盲目发展的通知》,要求坚决制止期货市场盲目发展。1994年5月30日国务院发布69号文件(《关于坚决制止期货交易市场盲目发展若干意见请示的通知》),对期货行业进行第一次大的清理整顿。整顿后的期货交易所为15家,其间长春商品交易所因出具假仓单被关闭。
69号文件还要求已成立的期货交易经纪公司重新办理申请许可手续,要求期货交易经纪公司停止境外期货交易业务,作为例外,国有大型进出口集团可以成立新的期货经纪机构,代表集团的利益而从事境外期货业务。从1994年5月至1998年8月我国上市交易的活跃期货合约主要有铜、铝、绿豆、红小豆、胶合板、籼米、大豆、豆柏、天然橡胶、咖啡、玉米、红高粱、棕榈油、粳米、国债等期货品种。
自1994年期货业第一次大的清理整顿后,后续几年又对期货交易市场进行了进一步的整顿。1994年4月6日停止了钢材、食糖、煤炭的期货交易;1994年9月29日暂停了粳米、菜籽油的期货交易;1995年4月,上海物贸因在上海商品交易所505和9507胶板合约中严重违规,成为第一个被中国证监会处罚的会员单位;1995年5月,由于“3•27事件”和“3•19风波”,暂停了国债期货交易;1995年9月,中国证监会要求各期货交易所着手进行会员制改造;1996年2月,国务院发文加强期货市场监管,金融机构退出期货市场;1997年3月的政府工作报告中指出,要“规范证券、期货市场,增强风险意识”;1997年7月,中国证监会对期货公司进行年检工作,公布第一批不予通过1996年检测的11家期货公司名单,由此,1997年被中国证监会确定为“证券期货市场防范风险年”。在这5年期间,14家期货交易所运行较为规范、并各自形成了交易活跃的期货品种,期货市场在整顿中日益成熟。